Томас вынужден отыскать лекарство от смерти, чтобы спасти своих друзей. В предыдущих частях было показано, как Том и еще шестьдесят подростков оказались в загадочном городе под название Глейд, который был окружен лабиринтом, изменяющийся каждый день. В нем находились страшные чудовища, которые не давали никому прохода. Все глейдеры не помнят ничего из прошлой жизни, кроме своего имени. 
Они решают преодолеть лабиринт просто бегая по нему, что бы вырваться на свободу. Не многим это удалось. И теперь их ждало новое препятствие в виде непроходимой пустыни. 
Теперь Том возглавляет группу оставшихся глейдеров. За эти долгие дни они очень сильно подружились. Все они осознают, что только вместе смогут победить коварную организацию ПОРОК и вырваться наружу, в нормальный мир, в котором их давно уже ждут родные и близкие.

Томас, Тереза, Минхо и остальные глейдеры с доблестью бегают по коварному лабиринту, они осознают, что это была лишь подготовка к более сложному мероприятию. Кровожадные монстры, обитающие в лабиринте и коварные ловушки, которые ребята встречали на каждом шагу, не сравнятся с тем испытанием, подготовленный для ребят секретной организацией ПОРОК. На этот раз она посылает подростков в песчаные просторы 
непроходимой пустыни. 
Ребятам предстоит преодолеть знойную жару в экстремальных условиях песчаной бури. И это еще далеко не все препятствия, которые ждут героев киноработы на данном участке пространства. Их ждут преграды, которые требуют от них невероятной ловкости, быстроты реакции, сообразительности и слаженных действий всех участников состязания. Здесь нет конкурентов. Все глейдеры сражаются лишь с внешним врагом в лице огненной пустыни. Она не терпит ошибок и безжалостно наказывает за каждый необдуманный поступок.

Однажды герой картины отправляется на лифте, чтобы не идти пешком по лестнице. А в результате он оказывается в странном месте в компании шестидесяти подростков. Все они не помнят о себе совершенно ничего, кроме имени. Нашего героя зовут Томас. А место в котором он оказался здесь именуют Глейдом. Сами подростки называют себя глейдерами. Они находятся в квадратном замкнутом пространстве, вокруг которого расположен непроходимый лабиринт. Основная цель всех ребят - это пройти его, ведь это единственный шанс вернуться назад и вспомнить свое прошлое. 
Каждые тридцать дней в замкнутом квадрате появляется новый подросток, который тоже кроме имени ничего не помнит. Продовольствие у героев картины постепенно заканчиваются, а единственный выход - это пройти лабиринт. Сложность заключается в том, что в нем обитают кровожадные монстры и он меняет свою конфигурацию каждую ночь. В один момент появляется девушка, которая находится в коме. Она успевает сказать, что она последняя, кто сюда попадет. Том становится бегуном, который должен пробежать все испытания и преодолеть коварные ловушки.