офицер ЦРУ Итан Хант наконец-то решил завязать с карьерой военного и подал рапорт на увольнение. Теперь он занимается подготовкой молодых курсантов, для прохождения службы в элитных войсках. 
А тем временем самый крупный торговец оружием в мире по имени Оуэн Дэвиан похищает бывшую воспитанницу героя картины, которую зовут Линдси Феррис. Естественно, нужен герой, который сможет спасти ее из рук преступника. И руководство ЦРУ вновь обращается к Итану, чтоб тот выполнил последнюю свою операцию. 
Так, герой "Миссии: невыполнима" вновь оказался в самом центре сложнейшей операции, которую могут выполнить только опытные спецагенты. Он заручается поддержкой своего боевого товарища Лютера Стикела и еще двух совсем зеленых бойцов. Вместе они начинают искать преступника и похищенную девушку - курсанта. Но, неожиданно операция пошла не по сценарию.

у офицера ЦРУ Итана Ханта новое руководство, которое дает специалисту своего дела самые секретные и важные поручения. У мужчины появилась симпатичная девушка. У него с ней взаимоотношения закручиваются, как в любовном романе. Но, для боевого офицера работа превыше всего и порой для личной жизни совсем не остается времени. На этот раз угроза пришла со стороны русского ученого Владимира Нехоровича. Он разработал смертельный вирус, который может уничтожит человечество за несколько дней. Профессор испугался своего детища из-за того, что оно может попасть в руки недоброжелателей. Он везет его в США для надежной защиты. Однако, по дороге в Штаты, сыворотка попадает в коварные руки злоумышленников.

офицер ЦРУ Итан Хант служит в элитном отряде. Он считается на хорошем счету у руководства. Ему доверяют и прислушиваются к его вескому слову. Коллеги всегда обращаются к герою "Миссии: невыполнима" за помощью. Удачная карьерная служба продолжалась до определенного момента, пока в отряде не появился предатель. 
Однажды по его доносу была сорвана секретная операция, в результате которой погибла вся команда, кроме героя киноленты и его коллеги агента по имени Клэр. Женщина в ходе этой операции потеряла мужа, который был руководителем подразделения. 
В провале операции обвинили нашего героя. Его опозорили перед всем штабом и опорочили доброе имя боевого офицера. Чтобы вернуть себе честь и достоинства, а также очистить свою репутацию перед партнерами по службе, спецагенту необходимо найти "крота" в рядах престижного подразделения.