Сюжет сериала вращается вокруг трех оперативников Романа Русакова  Владимира Щукина  и Алексея Мухина . 
В каждой серии «Отдела» оперативники сталкиваются с новыми преступлениями. Чтобы их раскрыть, команде Русакова придется не раз отступать от правил, ведь их методы расследования эффективны, но не всегда законны. Но оперативники готовы пойти на любые жертвы, чтобы не прогибаться перед криминалом, не предавать друзей и дело, которому служат. 
Сквозной линией через весь сериал проходит история о хитроумном 
маньяке, который одну за другой убивает девушек легкого поведения. 
Оперативники бьются над вопросом, почему преступник нападает только на «ночных бабочек» и лишает их жизни при помощи армейского ножа, привезенного из Непала. Разбираясь в этом деле, они пытаются вытащить из СИЗО начальника Ивана Ушанова. Ему грозит тюрьма после того, как он перешел дорогу заместителю начальника ГУВД генералу Александру Харламову 
Но в этих драматических событиях находится место и для любви. На место Ушанова в отдел приходит подполковник Тимур Видов  Он симпатизирует Ольге Ильиной  майору Следственного комитета. Но Ильина давно и безответно влюблена в Русакова, у которого не хватает времени на личную жизнь.

С одной стороны, Антон – внештатный сотрудник структуры МВД, цель которой "противодействие коррупции". С другой стороны, он – «Робин Гуд», вершащий суд над теми, над кем реальный суд не властен. 
Вся жизнь Антона протекает «под глубочайшим прикрытием». Личной жизни у него нет, только экстремальная работа. К его услугам прибегают в исключительных случаях, когда не остается иного способа, чтобы «вывести на чистую воду» зарвавшегося преступника, окончательно уверовавшего в свою безнаказанность. Антона приглашают как "свободного художника". У него есть право действовать так, как он посчитает нужным, и при этом не считаться ни с какими инструкциями. 
Задача Антона спровоцировать «объект» и заставить его совершить роковую ошибку. Для начала, ему нужно придумать безупречную «легенду». Незаметно подобраться к «объекту». Разыграть перед ним спектакль. Заставить злодея поверить в "разводку" и схватить наживку. После этого останется только нанести разящий удар! 
Антон никогда не допускал ошибок. Точнее сказать, почти никогда... Пока однажды он случайно не встретил свою «первую любовь» и не понял, что былые чувства никуда не делись… Тут-то его строго выстроенная "легенда" и затрещала по швам...

Майор полиции Егор Даурский в частном порядке расследует убийство своего друга полковника полиции и его жены, в станице Краснодарского края. Здесь он сталкивается с беспределом местной преступной группировки под предводительством некоего Сурового. Также он знакомится с местными казаками и их атаманом Петром Лазаревым, которые противостоят откровенному беспределу властей и криминала. Даурскому удаётся раскрыть убийство друга и наказать виновных. Завершив дело, он возвращается в Москву для того, чтобы перевестись в станицу. Вместе с казаками он надеется избавить местечко от Сурового и его группировки.